Hay varias maneras en las que los administradores de sistema gestionamos un programa en el clúster, por lo que pudimos haberlo instalado de maneras distintas y en lugares distintos.

De forma general lo que intentamos es instalar los programas por alguna de estas vías:

1. Utilizando conda y el canal especializado bioconda, 
2. Utilizado un paquete precargado de herramientas para Clúster del San Diego Supercomputing Center (SDSC).
3. Pudimos haber compilado el código fuente de github, sourceforge, etc. 
4. Pudimos haber descargado scripts escritos en perl, python, R, etc. 
5. Pudimos haber usado algún método no convencional.

Según como se instaló el programa dependerá de donde va a poder encontrar la herramienta en el clúster. Pero la gran mayoría de las herramientas bioinformáticas se encontrarán o en el environment de conda o en los modules del SDSC.

Comandos para consultar programas instalados

Para corroborar que aplicaciones con entorno conda hay disponibles
conda env list

Para corroborar que aplicaciones con entorno SDSC hay disponibles
module avail

Para corroborar que aplicaciones fueron compiladas desde su código fuente
ls /share/apps

Accesos directos creados manualmente para facilitar la ejecución de programas
ls /share/apps/launchers

Tabla de herramientas pedidas por los usuarios
Apps Pedidas by Google Spreadsheets

Para activar programas con entornos especiales, sigá estas instrucicons: https://bioinfo.fmed.uba.ar/docs/guia-del-cluster/ejecutar-programas-con-entorno/