Los ejemplos y demos de los scripts de slurm se van coleccionando en la ruta:
/share/databases/slurm/demos
Un ejemplo de script básico para slurm sería este que se utiliza para ensamblar un genoma de e.coli usando la herramienta Flye, el archivo puede accederse en el cluster desde:
/share/databases/slurm/demos/ensamblar_ecoli_nanopore.slurm
Aqui les dejo un preview:
#!/usr/bin/env bash
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# SCRIPT BÁSICO PARA EL CLUSTER BIOINFO
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# SLURM BATCH DIRECTIVES
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#SBATCH --job-name=script # (Nombre de ID del trabajo)
#SBATCH --partition=CLUSTER # (especifica grupo de nodos)
#SBATCH --nodes=1 # (cantidad de nodos)
#SBATCH --cpus-per-task=8 # (cantidad de CPUs, 12 máx.)
#SBATCH --mem=10G # (mínima RAM a usar, 62 máx.)
#SBATCH --time=02:00:00 # (tiempo de ejecución)
#SBATCH --output=slurm.%J.out # (standard out)
#SBATCH --error=slurm.%J.err # (standard error)
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# CARGAR MODULES Y/O ENVIRONMENTS
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module purge # (Limpiar cargas previas)
source activate flye # (cargar ensamblador flye)
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# VARIABLES PARA SIMPLIFICAR EL CÓDIGO
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WORKDIR="$HOME"
READS="/share/databases/rawdata/demo/nanopore_ecoli.fasta"
RESULTS="$WORKDIR/myFlyeResults/"
# Crear carpeta output sino existe
mkdir -p $RESULTS
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# COMANDOS DE BASH
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# Ensamblar ecoli con lecturas Oxford Nanopore
# datos bajados de: https://github.com/fenderglass/Flye/blob/flye/docs/USAGE.md
flye \
--nano-raw $READS \
--out-dir $RESULTS \
--genome-size 5m \
--threads $SLURM_CPUS_PER_TASK