Tutorial de Slurm

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Modelo de un Script avanzado (MPI)

#!/usr/bin/env	bash

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# SCRIPT MPI PARA EL CLUSTER BIOINFO
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# DIRECTIVAS PARA SLURM
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#SBATCH --job-name=scriptMPI   # (Nombre de ID del trabajo)
#SBATCH --partition=CLUSTER    # (especifica grupo de nodos)
#SBATCH --nodes=2              # (cantidad de nodos)
#SBATCH --ntasks=20            # (cantidad de CPUs, ≤ 20)
#SBATCH --mem=60G              # (mínima RAM a usar, ≤ 128G)
#SBATCH --time=02:00:00        # (tiempo de ejecución)
#SBATCH --output=slurm.%j.out  # (standard out)
#SBATCH --error=slurm.%j.err   # (standard error)

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# CARGAR MODULES Y/O ENVIRONMENTS
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module purge                   # (Limpiar cargas previas)
source activate ray            # (cargar ensamblador ray)

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# VARIABLES PARA SIMPLIFICAR EL CÓDIGO
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WORKDIR="$HOME"

# K-mer que elegí para ensamblar
kmer=21;

# Carpeta donde tengo los FASTQs
DATA="/share/databases/rawdata/demo/metagenome/sample";

# Nombre de la muestra, ID de las reads.
SAMPLE_ID="CSM5FZ4M";

# Carpeta para guardar el output
RESULTS="$WORKDIR/myRayResults";

# Crear carpeta output sino existe
mkdir -p $RESULTS;

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# COMANDOS DE BASH
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time \
mpiexec -n $SLURM_NTASKS \
Ray -k $kmer \
-detect-sequence-files $DATA \
-o $RESULTS/$SAMPLE_ID_$kmer