En el clúster hay una carpeta con scripts demostrativos para ejecutar con slurm, la misma esta en: /share/databases/slurm/demos
Demo 1) Ensamblar E. coli usando lecturas PacBio u Oxford Nanopore
En este ejemplo, ejecutaremos un script en un solo nodo solicitando 8 CPUs y 10G de memoria RAM mediante directivas de slurm.
Ejecutar un Script Básico en un solo nodo es la técnica que utilizaremos la gran mayoría de las veces, es la manera por default de llevar a cabo experimentos en el clúster.
En síntesis, el objetivo es ensamblar el genoma de Escherichia coli utilizando la herramienta Flye. Nuestros datos de input serán lecturas de “secuenciación de a una molécula” (Single Molecule Real Time Sequencing) obtenidas por la tecnología PacBio u Oxford Nanopore (data info).
Para esta demostración recomendamos que:
- Copie los scripts modelo a su carpeta Home
cp /share/databases/slurm/demos/ensamblar_ecoli_*.slurm $HOME - Lea y edite el script como crea necesario
- Envíe el script elegido a SLURM mediante uno de los comandos:
sbatch ensamblar_ecoli_pacbio.slurmsbatch ensamblar_ecoli_nanopore.slurm - Monitoree el experimento usando
squeueosmap -i 1 - Explore los resultados
Demo 2) Ensamblar un metagenoma usando lecturas Illumina
Este experimento está basado en el Metagenomics Workshop in Uppsala.
Vamos a utilizar un set de lecturas de secuenciación Illumina paired-end obtenidas de pacientes con IBD.
En nuestro ejemplo, ejecutaremos un Script MPI para dividir la tarea de ensamblado y ejecutarla en dos nodos en paralelo. Solicitaremos 20 CPUs y 60G de memoria RAM para ensamblar un metagenoma intestinal humano con la herramienta Ray.
Para esta demostración recomendamos que:
- Copie el script modelo que elija a su carpeta Home
cp /share/databases/slurm/demos/ensamblar_metagenoma.slurm $HOME - Lea y edite el script como crea necesario
- Envíe el script a SLURM mediante el comando:
sbatch ensamblar_metagenoma.slurm - Monitoree el experimento usando
squeueosmap -i 1 - Explore los resultados