Muchas veces los programas requieren tener dependencias instaladas, es decir otros programas o distintas versiones, por ejemplo un programa puede necesitar de python 2.7 pero otro programa al mismo tiempo puede precisar de python 3.2, y estas dos versiones de python no pueden convivir en el mismo entorno. Esta situación puede ocurrir con varias herramientas y para evitar incompatibilidades en el sistema, cuando un programa requiere dependencias no tradicionales, a este programa se le crea un entorno especial, o del inglés, environment (e).
Aquí está explicado como saber que programas hay instalados en el clúster: https://bioinfo.fmed.uba.ar/docs/guia-del-cluster/que-programas-de-bioinformatica-hay-instalados/
Para saber qué programas requieren un entorno propio podemos usar estas opciones:
Para corroborar que entornos de Bioconda hay disponiblesconda env list
Para corroborar que entornos del SDSC hay disponiblesmodule avail
Ejemplos:
Para activar un environment debemos ejecutar source activate o module load antes de que podamos utilizar nuestra herramienta. Esto va a cargar las dependencias a nuestro entorno, ya sea que ejecutemos el programa directamente por Bash o que lo enviemos en un script slurm.
Ejemplos de cómo activar el environment de un programa:
Para activar un entorno Biocondasource activate NombreDelPrograma
Para cargar un entorno SDSCmodule load NombreDelPrograma
Ejemplos:
