En la sección de Almacenamiento se explicó como está dispuesto el espacio del clúster y como cada usuari@ tiene un límite establecido por una quota.
Para aliviar el problema del poco espacio, vamos a aprovechar el hecho de que podemos compartir datos con nuestro grupo de trabajo y que también contamos con una carpeta borrador (scratch) que se vacía cada 10 días.
1) Bases de datos compartidas
En el clúster contamos con una partición para alojar y compartir bases de datos locales, ésta está ubicada en la ruta:/share/databases/
Si tus datos son archivos sin procesar, como secuencias illumina en formato fastq.tar.gz, podrás almacenarlos en la ruta:/share/databases/rawdata/
Si tus datos ya fueron procesados, por ejemplo si ensamblaste un genoma o un transcriptoma nuevo, podrás almacenarlos en la ruta:/share/databases/references/
Para obtener permisos de escritura en estas carpetas deberás enviar un email al administrador.
2) Carpeta borrador (scratch)
En el clúster hay un carpeta borrador que no tiene impuesto un límite de quota, el límite depende del espacio que haya disponible en la partición. Esta carpeta esta ubicada en la ruta:/scratch/
Muchas veces corremos un programa que genera muchos datos temporales o intermedios y que al final de cuentas no nos interesa mantenerlos guardados.
Todo el contenido de esta carpeta es borrado cada 10 días mediante un script.
Por ejemplo: Guardo mis secuencias fastq.tar.gz en /share/databases/rawdata/ y luego las utilizo para ensamblar un genoma nuevo. Los programas cuando ensamblan las reads almacenan archivos temporales durante el proceso y estos pueden ocupar bastantes gigas, por lo que al ensamblar podemos especificar en los parámetros de dicho programa que el output sea direccionado a la ruta /scratch/, esto va a alivianar el uso de nuestra carpeta Home durante el ensamblado. Una vez que se terminó de ensamblar, solamente copio el archivo final de mi ensamblado (genoma.fasta) a mi carpeta Home y el resto será eliminado del clúster automáticamente. Este método puede usarse con muchos programas, si tiene alguna duda consulte con los administradores.