Escribir un script en bash nos permite automatizar tareas repetitivas. En nuestro caso en particular además nos permite tener un registro del experimento que ejecutamos, similar a cuando anotamos protocolos en nuestros cuadernos de laboratorio, esto nos permite que el experimento que realizamos sea reproducible, es decir que podamos compartirlo o que simplemente despues de un tiempo nos acordemos que comandos ejecutamos para obtener nuestros resultados. En el clúster bionfo es muy importante poder escribir scripts simples, ya que para utilizar el sistema de fila de ejecución Slurm, lo que haremos es enviar nuestros scripts a la cola de ejecución.

Si pueden leer en inglés, les recomendamos que visiten este tutorial de Bash Scripting para principiantes:https://linuxconfig.org/bash-scripting-tutorial-for-beginners

Tengo el objetivo de armar un tutorial en español sobre el tema cuando tenga algo de tiempo, mientras tanto solo he podido realizar un script muy básico, no muy útil, pero les da una idea de como comenzar a escribir un script en el clúster.

Usando nano como editor de texto, podemos escribir un simple script que imprime la línea Hola Mundo en la pantalla de Bash (ver video abajo).