En el clúster, es muy recomendable que nuestros programas los enviemos a la fila de ejecución Slurm. Pero sin duda, es una buena práctica realizar pruebas para poner a punto los parámetros de los programas y estas pruebas podemos ejecutarlas directamente en el intérprete Bash. Tenga en cuenta de que su prueba no supere una hora de tiempo de ejecución y que no utilicé muchos CPUs ya que pondrá en riesgo la funcionalidad del clúster.

Para correr una prueba es muy recomendable fraccionar el archivo que utilizará de input, reduciendo su tamaño y así, el tiempo de cómputo. Una vez que hizo las suficientes pruebas y pudo poner a punto la línea de comandos que desea ejecutar, ya estará en condiciones de escribir un script y enviarlo a la fila de ejecución Slurm.

Hay aplicaciones que están listas en el entorno (e) base y que ya se encuentran habilitadas para ser ejecutadas directamente, por ejemplo, aplicaciones propias del sistema operativo:

La mayoría de nuestros programas de bioinformática tienen un entorno (e) que debe ser activado previamente para poder ser ejecutados, por ejemplo: